Вобщем по конкретно твое проблеме ничего сказать не могу, но расскажу свою историю.
У меня в коробке постувивания слышались при прогреве на подсосе в холодную погоду (прошлой зимой), у кого спрашивал были предположения что синхронизатор за что-то задевает. Летом поменял масло в коробке и в этом году когда был мороз -20 никаких стуков при прогреве не было.
Так что возможно просто надо сменить масло, у меня было залито ТНК минералка, залил Лукойл минералку.
Ты сколько километров назад в коробке менял????