Подобная проблема была и у меня. В моем случае оказалась дверь. Стекло ведь не герметично стоит, оно подвижное, да и через зеркало может быть течь. Проблема в попадании воды под обшивку двери, затем на уплотнитель внизу двери, но уже внутри салона, затем под накладку порога и вот уже вся шумка в воде...
Тщательно проклей окна и отверстия в двери, особое внимание уделяй передней части, которая под зеркалом.

P. S. Также это может быть уплотнитель кронштейна педали тормоза (говоря грубо, уплотнитель дырки, через которую педаль соединяется с главным тормозным цилиндром). Такие мелочи, как уплотнители тросика газа/сцепления, ИМХО, к подобным последствиям приводить не могут.