Появился звук в коробке при разгоне и включении пониженой передачи, как будто моторчик разгоняешь, отдал перебрать, звук прошел, но теперь при разгоне звук как от трактора, почти сразу проехав 50 км перестал работать спидометр и переодически загораеться чек, то горит то не горит (ВАЗ 21150 2004 год) что делать?

На холостых при стоянке звук есть?

я конечно не слышал звуки до ремонта, но, имхо не надо было разбирать....
звук как от трактора - подшипники первичного вала.
спидометр - или датчик скорости, или привод спидометра.
Что делать? Ехать к "мастерам" и спрашивать у них.

на холостых слышен только выжимной, но это у них болезнь, а тут звук при нагрузке когда педальку давишь, особенно хорошо слышно на 2 ой передаче

Когда коробку перебирали, менялись все обсолютно подшибники,

Похоже на поломавшийся привод спидометра. Это когда он на 2-е части ломается, одна чать уходит в коробку и создает там проблемы (у каждого по разному), а вторая часть остается на месте но соотв функций своих не выполняет.
Я бы на вашем месте начал бы с проверки привода, тем более что для этого не нужно снимать коробку, а достаточно лишь открыть капот.
ЗЫ Еще шум бывает когда мало масла. Проверьте уровень, возможно при сборке пробку плохо закрутили (у меня так почти все масло из коробки вытекло).