при переключении с 1й на 2ю, на оборотах свыше 4000, слышен небольшой хруст(даже не хруст, а звук схожий с тем когда не полностью выжимаешь сцепление, переборка шестерней), тоже самое происходит при переключении с 3й на 2ю

из спец инструмента точно понадобится ударная отвертка

Износ кольца синхронизатора 2-ой передачи.Это слабое место КПП переднеприводных ВАЗов.Подбирай обороты при переключении по минимальному треску или через двойной выжим сцепления.Лишь из за этого половинить коробку накладно.