Когда завожу двигатель и прогреваю его на холостых иногда (не всегда) слышно небольшое нежесткое постукивание. Оно бывает громким, когда долго еду, а потом останавливаюсь. Если выжать сцепление, то тишина. Отпускаю, на расстоянии схватывания начинается постукивание и при полном отпускании макс. выраженный.

Что бы это могло быть?

подшипники первичного вала КПП изношены.
Судя по отзывам, это "хроническая болезнь" Самар. Замена решает проблему ненадолго.
Так что катайся так и не обращай внимания.

У меня тоже что-то постукивает иногда, но только на холостых, когда обороты низкие (300-500, когда, например, двигатель не прогрет, или включены фары+печка). Поменял масло в коробке - вроде реже стало стучать, но все-таки иногда бывает.