На следующий день горожане ворвались в Кремль и, не поддаваясь уговорам бояр, патриарха и царя, вновь пытались вручить челобитную, но бояре, разорвав челобитную в клочья, бросили её в толпу горожан.
В Москве «учинилась большая смута», город оказался во власти разъярённых горожан. Толпа громила и убивала «изменников» бояр. 2 (12) июня на сторону горожан перешла большая часть стрельцов. Народ ворвался в Кремль, требуя выдачи начальника Земского приказа Леонтия Плещеева, ведавшего управлением и полицейской службой Москвы, думного дьяка Назария Чистого — инициатора соляного налога, боярина Морозова и его шурина окольничего Петра Траханиотова. Восставшие подожгли Белый город и Китай-город, разгромили дворы наиболее ненавистных бояр, окольничих, дьяков и купцов. 2 (12) июня был убит Чистой. Царю пришлось пожертвовать Плещеевым, который 4 (14) июня был выведен палачом на Красную площадь и растерзан толпой. Одним из главных своих недругов восставшие считали главу Пушкарского приказа окольничего Петра Тихоновича Траханиотова, которого народ считал «виновником незадолго перед этим наложенной на соль пошлины»[1]:25. Опасаясь за свою жизнь, Траханиотов бежал из Москвы.

царь специальным указом отсрочил взимание недоимок и тем самым внёс некоторое успокоение в среду восставших. Видные бояре звали стрельцов себе на обеды с целью загладить бывшие конфликты. Выдав стрельцам двойное денежное и хлебное жалованье, правительство раскололо ряды своих противников и получило возможность провести широкие репрессии по отношению к вожакам и наиболее активным участникам восстания, многие из которых были казнены