После появления бурного аппетита к маслу, двигатель 21061 приказал долго жить, взяли движок 2003 года(на складе залежался), поставили.
Парадокс. двигатель встал как влитой в положенные места, работает нормально, но теперь он чуть стал задевать выхлопную трубу (до этого было приличное расстояние) и уровень шума сильно вырос.
В чем может быть дело и как лечить?(резинку ставить между соприкосающимися металическими поверхностями бессмысленно, темп. высокая)

Подушки двагателя новые? Может они просто фуфлыжные (внутри пружины нет -да-с, и такое бывает продают)...
Как вариант - поставить усиленные подушки от Нивы.
если и это непроканает то вариант один - гнуть трубу глушака...

Что-то я не понял - каким местом выхлопная труба может задевать за двигатель? Штаны имеются в виду? Так они приворачиваются к выпускному коллектору и хомутом к корпусу коробки, кажется? А после штанов - резонаторы и глушитель далековато от движка, чтобы его задевать...
В любом случае, если задевает ЧУТЬ-ЧУТЬ, в этом месте можно немного отрихтовать - сплющить подручными средствами, вреда не будет. Или под болт хомута подложить подходящую шайбу, или вообще хомут сделать самодельный с нужными размерами, или... да полно способов, вплоть до монтировки или ломика :-D
Подумай сам, не ленись.
А замена подушек вряд ли поможет - поднимется двигатель вместе со штанами, а их взаимное положение не изменится, ИМХО 8-)