На днях разбирал машинкуи обнаружил, что под аккумулятором, справа от сцепления торчит резинка, сантиметром 12-15, причем в верх, на ее конце, такое впечатление, как будто заглушка для чего-то. Снизу она прикручена к какой-то детали, ну короче не знаю к чему. Долго искал куда ее надо воткнуть, но не нашел. Я просто неного переживаю, вдруг это какая-то важная деталь.Если кто знает что это и куда вставляется, то подскажите, буду очень благодарен.

Возможно это сапун коробки, на него обычно кусок бензошланга надевают и сверху клипсой затыкают, чтобы и дышало и грязь не лезла. Если так, то никуда его втыкать не надо.
Написал бы какая машина, какая коробка, а то гадать приходится.

Машина ВАЗ 21099 инжектор, коробка обычная, ничего с ней не делал

Если прикручена к коробке, то ИМХО ничего с ней делать не надо. Катайся на здоровье и не переживай.
Удачи!