Установил активаторы на переднюю дверь. Там все понятно, хоть в дверях дырки есть, в стойках просверлил. Подскажите как быть с заднеми дверями, где сверлить дырки. Как ставить замок на заднии двери ВАЗ 99?

Скажу только про свою установку. Я использовал 2 перфорированные линейки, те, что идут в комплекте с электроприводами. Ставишь их уголком, общим углом вверх, электрозамок ставится горизонтально. Правда левая задняя дверь подклинивает...

Проблема не в том, как закрепить замок в двери, а в том где сверлить дырки под проводку. В дверях понятно, а в поперечине? Нужно ли использовать те гофрировынные шланги, что и для передней двери?

А штатные дырки разве не просверлены? Странно...
В любом случае, в стойках должны быть места для сверления. По крайней мере в двери точно есть - круглая подштамповка диаметром около 25 мм. Рекомендую в магазине кузовного железа посмотреть стойку на предмет расположения отверстия. Если нет такого, то место выбирай сам или проконсультируйся у установщиков музыки и кузовщиков.
Я не буду тебе советовать ставить большие гофры, кажется туда штатно должны ставиться J-образные 25 мм гофры, потому как, если нет конического сверла, то это достаточно трудно. Знаю из своего опыта Купи тонкие S-образные, 10 мм кажется, гофры и поставь их. Или, как вариант, штатные гофры от 2107, 2106. Итальянские тонкие и прямые ставить не рекомендую. Они быстро лопаются.

Тогда понятно...
Я ставил 10 мм -вые S-образные. Двери снимать "адназначна" (с) иначе ровно не просверлишь. Очень желательна шарошка по металлу. В стойке снимаешь пластиковую накладку и нащупываешь "тонкое" место. От него вымеряешь точку на двери. Не забудь прокрасить голый металл.
P.S. сначала протяни провода через резинку, а только потом ставь ее на место.