Вообще-то герметик, если он действительно хороший, вещь ооочень даже здоровская. Поскольку герметик при сопряжении плоскостей выдавливается из плоскости контакта, но при этом заполняет все микронеровности и шероховатости. В результате этого возникает один большой плюс - сопряженные поверхности, контактируя металл с металлом, уже практически не будут смещаться друг относительно друга, что постоянно происходит на прокладках. Именно поэтому огромная часть современных агрегатов европейских и японских производителей, в местах, которые не разбирают при мелком текущем ремонте, собирается на герметике. Это, например, вся новая линейка двигателей VAG-группы, практически все японские АКПП и МКПП и т.д.
НО герметик нужно очень аккуратно намазать, иначе действительно его выдавит в поддон, где он со временем может попасть в маслоприемник.
Так что я бы лично переднюю крышку посадил бы на герметик, только это нужно сделать очень быстро: намазать герметик, и в течении 5-10 минут состыковать крышку с блоком, и как уже писал baraban вставить шкив и затянуть его, крышка при этом отцентруется, и сразу же быстро затянуть крепеж крышки.
С поддоном другой вопрос. Тут во-первых, если на нем около отверстий продавлены шишки (слегка ощущается пальцами), то их нужно обязательно просадить молотком, иначе потечет и на герметике и со временем на прокладке.
Во-вторых, если наносить герметик на поддон, то тонким валиком (горбиком) с последующей выдержкой перед установкой минут 5-7. У передней крышки двигателя плоскость хорошая, поэтому там наоборот лучше герметик аккуратно нетолстым слоем размазать по всей привалочной плоскости.
В-третьих, если ставить поддон все-таки на прокладку, то затягивать равномерно в 2-3 этапа, чтобы опять-таки не надавить болтами шишек (особенно это касается как-раз пробковых прокладок - они хорошо уплотняют, но очень мягкие).
P.S. Герметик советую или купить какой-нибудь оригинальный типа белый VAGовский (в аудюшных запчастях) или красный японский. Можно взять какой-нибудь Permatex.