С утра жена заметила, что дверь стала очень тяжелой, я не придал этому значение, но когда сам открывал, то такое ощущение, что это дверь бронированная, причем открывается и закрывается как обычно, ощущение такое что петли заржавели. ВД-40 ситуацию не изменила, ограничитель работает нормально, в чем может быть дело?

прочистить дренажные отверстия внизу двери . Оттуда выльется вода, утяжелившая дверь... :-D
А вообще, конечно, смазать, все что можно: обе петли как следует, ограничитель (в месте его оси и также изнутри двери на пружинку побрызгать). При этом не обязательно именно вэдэшкой, можно чем-нибудь и более смазывающим, например индустриалкой.
Больше и причин-то нет (если конечно дверь не просела и не "скользит" по порогу ).
P.S. а насчет дренажных отверстий - такое действительно у меня было, по стакану воды в 2-х дверях болталось, пока не прочистил...

Там больше полведра помещается в каждой

Там такие маааленькие дырочки внизу, которые постоянно забиваются... И в двери булькает

Коллега на работе купил первую машину, ну и как раз осень была, дожди.
Приходит из авто магазина, показывает - понакупил герметиков, типа дверь течет, аж лужа в салоне, надо залепить.
Пришли мы с ним, а я все думаю, чего он в ней лепить собрался, а этот перец, хотел по контуру стекла герметиком пройти :-D
Оказалось, у него дренажные забиты были, и когда он дверью хлопал, чуть ли не пол ведра в салон хлестало (иномарка)
Ну я над ним поржал, до сих пор ему припоминаю

Я недавно в полости, где бензобак установлен, обнаружил около ведра воды

та же фигня была... капало, где бак. я думал, что бензин утекает...
снял, а там вода... фух... слил воду)

Место для запаски дырочку-крестик в резинке тож почисти, зачем болото разводить.

почистил всё)

эта ниша справа в багажнике?
И она прикрыта пластиковым кожухом? чтобы посмотреть там еслть вода или нет его снимать надо?

поднял запаску, а там вода, хорошо антикором промазано все, но вот теперь думаю как бы сделать так чтобы она туда не попадала, но для начала надо причину выявить, откуда она там.

Проковыряй снизу в резиновой пробке дырку.