Стоит ли дорабатывать систему вентиляции чтобы воздух выходил не через двери, а через заднию часть кузова? Этот способ описан в ЗР ?3 за 2001 г. с указанием, что дескать это скоро внедрят на ВАЗе. Это внедрили уже или нет?

Насколько я знаю, пока не внедрили.

Переделка - вопрос спорный и там не все так очевидно, как кажется господам из За рублем. Поищи в конфе, эта тема недавно обсуждалась.