Снимали коробку, меняли диски сцепления (стояли 01, поставили 03). При снятии коробки штаны не откручивали, а оттягивали в сторону ломиком. После ремонта появилась вибрация и ощутимый гул на кузов при работе двигателя «натяг» (3-7 сек.). После набора оборотов или при интенсивном разгоне вибрация не чувствуется. Передачи включаются хорошо, при трогании рывков нет, т.е. вибрация зависит от нагрузки на двигатель. Думаю, что при отодвигании штанов упирались ломиком и сдвинули двигатель на подушках (хотя визуально незаметно) или эластичная муфта после снятия и установки кардана стала не на своё место. Машине 8 лет, пробег 75 тыс км.
В чём причина?

А может выпускная система стала касаться кузова?

ИМХО, сдвинуть двигатель на подушках невозможно.
Да и эластичная муфта криво встать не может.
Ищите касание выпускного тракта о кузов.

Соглашусь с Илюшк@
При разгоне , реактивный момент не слабо поворачивает двиг против направления вращения КВ .
Покачать двиг за голову и посмотреть штаны на предмет касания лонжерона , передней балки и травесы коробки .
Так же посмотреть заднюю опору двигателя (на траверсе коробки) .

Выхлопной тракт кузова не касается, проверено. Даже отсоединял крепление выхлопной системы от коробки. Изменений нет. Про муфту не так выразился. 75 тыс. она работала в одном положении, а тут её провернули. 8 лет тоже влияет на эластичность резины. Спасибо.

Точно, скорее всего штаны стали об кузов бить, когда двигатель в натяг работает у него амплитуда вибрации больше и поэтому достает до кузова. Его теперь опять ломиком надо на место поставить

А когда проверяли, в кабине кто-нибудь сидел?