Спецы! Подскажите пожалуйста не вредно ли для контроллера и другой электроники автомобиля скидывать минусовую клему с акумулятора каждый день ? (акумулятор сильно дохлый плохо подзаряжается, клему скидываю на ночь чтобы лишний раз не сажать).

Господа!!! ну сколько раз говорили читайте FAQ http://www.autofaq.ru/
Там всё про всё есть. Это во первых, а во вторых это просто интересно.
А теперь по сути вопроса.
При отключении АКБ обнуляется ОЗУ и каждый день контроллер обучается заново. Особо страшного в этом ничего нет, но и хорошего тоже-ничего.
Нужно в первую очередь разобраться-почему садится аккумулятор.
Потом все-таки разориться на новую АКБ и проблема решится.