Здравствуйте. После замены крышки багажника в СТО перестала срабатывать кнопка багажника при закрытой крышке. При этом, при снятии и установке клеммы аккумулятора, один раз открытие с кнопки срабатывает, а потом нет, даже не щелкает. Удивительно, но при открытой крышке багажника кнопка срабатывает, то есть идут щелчки при нажатии на кнопку. В чем может быть проблема? Спасибо.

замок менялся?
Замок регулировался?

В более плотном захлопывании крышки багажника.
Для начала попробуй немного закрутить резиновые упоры на краях крышки.
Если не поможет,то придется регулировать положение замка.

Замок не менялся пробовал при открытой крышке зафиксировать замок в закрытом положении но кнопка также не срабатывает открываю ключом защелка отщелкивается и кнопка срабатывает в чём проблема непонятно

замок-старый, а дверь задка - новая. Соответственно нужно выставить положение замка двери, как было со старой, по отношению к скобе на кузове.Дверь могли сместить на петлях на несколько мм - этого уже достаточно, что б замок перестал работать нормально.
Ищи пути решения:
1) Как сказали резинками-конусами на двери - это в вертикальной плоскости
2) путем смещения скобы на кузове или замка на двери задка.