Посмотри мою тему про лязг в районе коробки.
сам я не особо дока ,но было примерно то же и нв второй передаче.коробка нипричем.
но умные люди,которые мне там отвечали безошибочно поставили диагноз (всем спасибо отдельное)
до этого кучу сервисов объездил безрезультатно.
а было то же и именно на второй передаче.
если своими словами (прости я не специалист)
просели подушки крепления двигателя (причем зрительно не определишь) я ставил рядом две одинаковых машины 16кл.
и тогда увидел что у меня двигатель ниже относительно возд фильтра чем на здоровой машине.
в итоге уже сам поднял на подъемник , помошник завел а я смотрел что будет происходить на на второй передаче.
Вывод : при режиме ,бросания сцепления (самая большая нагрузка на двигло)
на втрой передаче получалось трение кулисы о поперечную тягу.
от этого и лязг . поменял опоры двигателя ,все пропало .
может у Вас такой же дефект.
Удачи !!!!!!!!