Собственно вопрос такой - при замене ЭБУ и отключении К линии двигатель можно завести без ключей ИММО. Как вариант предлагается перепиновка разъема ЭБУ, т.е внесение механических изменений в конструкцию.
Перепиновка ЭБУ - это конечно-же хорошо, но если гарантия при этом снимается автоматически - то уже не совсем хорошо.
Интересно, есть ли еще какие либо варианты защиты штатного ИММО и повышения надежности системы безопасности ?

Любые электронные хитрости легко обходятся. В случае перепиновки тоже. Достаточно иметь "паук", т.е. собственный жгут системы впрыска. Естественно, перепиновка усложнит задачу, но только в том случае, если Вы будете делать ее самостоятельно и никто, кроме Вас, об этом знать не будет. Однако, на диагностике может потребоваться временно заменить ЭБУ. С "перепинованной" проводкой это, сами понимаете, невозможно.
Так что, самый надежный способ защиты авто - всякие механические блокировки (руль, коробка). Хотя, эвакуаторы никто не отменял...

По воводу эвакуаторов, ещё есть датчики наклона и пэйджеры.

Но зато никто не отменял электрошокеры и глушаки частот.