Нужно все же мерить на аккуме непосредственно. Если и там тоже самое, то все действительно не айс. Не важна тут отдача акку по амперам. Акк то может быть и нормальный, раз машинка живет пока с ним. Но он недозаряжается. Причина может быть и в силовых проводах от гены, и в регуляторе, и в диодном мосте (обрыв одного из диодов, например).
Я бы делал так:
Убедившись, сначала, что напруга на Аккуме действительно такая, как на компе (ну или близкая к 12В). Т.к. при отключенных потребителях напруга на акку выше 13,5 В и уровень электролита в норме, можно предположить, что он еще жив. Проверил и почистил клеммы акку, клеммы крепления "массы" на кузов, двигатель, коробку (если есть). Зачистил бы все клеммы на гене (особенно ту, которая с самым толстым проводом - ток генерируемый геной по ней идет назад в борт. сеть). Поменял регулятор, ибо не так дорого стоит. Я себе тоже трехуровневый поставил. Не ожидал, что напряжение в сети авто на столько стабильней будет (13,9+-0,1В в среднем положении переключателя). Причем, если хватает оборотов двигателя, оно таким и остается независимо от нагрузки. Ставится не геморно. Но можно для начала таблеткой отделаться, только покупать от проверенного производителя, от Астро (Пенза), например. Если и провода и таблетка в порядке, придется смотреть диодный мост и обмотки ротора и статора гены ( ротор и статор, самые дорогие детали в гене).
Если будете ставить трехуровневый регулятор, попробуйте, насколько крепко на нем держится крышка. У меня стояла довольно плотно, но я ее все равно посадил на черный герметик, чем черт не шутит...