Делал недавно КПП на сервисе, заменили полкоробки, вроде все работало нормально... Вдруг на днях замечаю, что если ехать на 2 передаче, при этом отпустив газ, но не выжимая сцепления - передача вырубается сама.

На сервисе мутят воду, говорят, что такое возможно первое время, предлагают подождать немного, либо опять заплатить за переборку коробки. Пытался права качать, но мастер сказал, что сам ничего решать не может, мол, ехай к директору, с ним и разбирайся.

В чем вообще может быть проблема и чем мне это грозит в плане дальнейшей жизни коробки?

Не паникуй раньше времени, возможно просто кулису надо отрегулировать заново.

А это можно сделать своими (точнее силами более продвинутых товарищей) без разборки коробки на подъемнике? Или в сервис?

Конечно можно: пара гаечных ключей, один в салоне, один в смотровой яме. Работы на 3-5 мин.

Ясно, попробуем поковыряться