Синхронизатор не отрабатывает вот и проблема, прегазовкой ты сравняешь угловые скорости, и шестерни с лёркостью зайдут в зацепление. На разгон хруст на второй заметен при сильном ускорении, когда машина быстрее теряет скорость чем первичный вал в коробке. При понижении передачи изначально первичный вал крутиться медленнее чем вторичный, для более низкой передачи. Перегазовкой ты разгоняешь первичный вал. Учился бы на "С" категорию, скорее всего знал бы такой приём.
Дело твоё, либо ремонт коробки, либо забить и она ещё долго проходит. Я с такими хрустами уже год-полтора катаюсь, перегазовки на понижение и мягкое переключение с первой на вторую при активном ускорении и хрустов нету.
Да и ещё, проверь установку педали сцепления, со временем трос сцепления вытягивается, сцепление как бы не до конца отключается и появляется трудности с переключением на повышение и хрусты. Особенно заметно на задней передаче, при правильной регулировке педали сцепления, задняя предача втыкается с размаху без хрустов, после паузы в 2-3 секунды на нажатом сцеплении и стоящем авто.
Вообще коробка в самарках слабая, синхонизаторы первой, второй предачи быстро убиваются, особенно при активных разгонах, а так же при плохо работающем сцеплении