Налог с продажи недвижимости не платится вообще, если ты владел ею больше 3х лет.
И не 13% с милиона, а ДО 1 млн тебе могут выплатить возмещение.
Читай НК.

"Статья 220. Имущественные налоговые вычеты ... 1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 2 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов:
1) в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей, а также в суммах, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих 125 000 рублей. При продаже жилых домов, квартир, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков и земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более, имущественный налоговый вычет предоставляется в сумме, полученной налогоплательщиком при продаже указанного имущества."

А теперь мой комментарий. Я все это недавно прошел.

После продажи машины вам действительно нужно заполнить декларацию, но только ту ее часть, которая касается налоговых вычетов (я вот точно не помню, кажется, форма НДФЛ-3, приложение Г или Д). И подаете заявление установленной формы с просьбой предоставить вам налоговый вычет. Арифметика простая:

если вы продаете авто, который у вас в собственности находился менее трех лет, вы не будете платить налог со суммы сделки до 125 000 рублей. Если в договоре написали больше 125 тыс, то заплатите 13% с того, что сверх этого лимита.

если вы продаете авто, который по документам был у вас в собственности на один день больше трех лет, то вы не будете платить налог с суммы продажи до 1 000 000 рублей.

Сейчас письма из налоговых шлют пачками. Это на дурака, авось кто заплатит, записав в графу основного дохода. КОгда я отправлял жену в налоговую с подробными инструкциями, она обнаружила там много таких же, как она, но они вообще не знали, что куда вписывать, она давала им на месте консультации (почему бесплатные?), тетке в окошке это не понравилось

Короче, нужно знать свои права.

Вывод: больше трех лет -- пишите какую угодно сумму, меньше трех лет, пишите в договоре меньше 120 000 рублей. ФСЁ. Не давайте себя обмануть.

Читайте НК и УК