Недавно обнаружил в пороге пару дырочек....скорее всего от неправильного использования домкрата
Чем можно замазать, заделать....чтобы не ржавело?

Сваркой или шпатлёвкой! Далее грунт,краска,мовиль или антигравий!

Если от домкрата то я бы не советовал шпаклёвку - надо варить.
ЗЫ если железо нормальное то хоть ты тресни не проломишь дырку домкратом. Гниёт аднака. варить надо поддомкратнии 100%, а там может и пороги с усилителями и соединителями (или заплатки)