В принципе, тебе нужно проконсультироваться с ортопедом.
Это может быть и начальный артроз.
Простой рентгеновский снимок даст ответ на этот вопрос.
А ты перед бегом ноги разминаешь, разогреваешь? или сразу переоделся и на беговую дорожку?
У меня была похожая проблема. Приходил час играл в теннис на харде, а на следующий день болели подъемы стопы.
Пошел к врачу, он говорит, нужно разогревать ноги, делать растяжки, упражнения, чтобы входить в игру с теплыми ногами.
Стал интенсивно разминаться - проблема исчезла.
Попробуй...
Кстати, возможно, что твоим суставам не нравится покрытие по которому ты бегаешь. Тоже вариант. Идеально бегать по земле с травкой в специальных кроссовках.
Еще один момент обувь, для бега нужны специальные беговые кроссовки, а ты, возможно, по не самому лучшему покрытию бегаешь в тяжелых непредназначенных для этого кроссовках.
Причин может быть много. Но не пускай это на самотек.