Ситуация такова:
Есть автомобиль ВАЗ 2108, ПТС есть, номера есть, свидетельство о регистрации есть, генеральная доверенность есть...
Машина списанна в утиль (проверил в МРЭО).
Теперь вопрос, понятно что пользоваться я ей не могу, владельца (того кто выдал генералку) найти то же не получилось. Как продать машину? Т.е. интересует законность моих действий? На основании каких документов машина может быть передана другому лицу?

Никаких документов и передана быть не может. Даже, если, её отдать хозяину- вновь поставить на учёт у него не получится. Обратного хода сиё действие (снятие в утиль) не имеет.
Просто у знакомого была такая-же заморочка. Ему подсказали единственный выход- разобрать на запчасти и продать (ну кроме номерных деталей). Как-то так.
Пы.сы. Сам я не юрист.

вот в том то и вопрос, как быть с номерными агрегатами

К сожалению- только вторчермет.
Как-то (правда давно это было) менял двигатель на классике. При оформлении нового гайцы спросили- Справку на высвободившийся номерной агрегат писать? Мне было не надо. Отказался. Но, если-б выписал, то по этой справке можно было продать движок, или блок отдельно.
В данном случае нет никаких доков на машину (хоть они и есть). Снять с учёта не получится. Соответственно никаких ЗАКОННЫХ документов нет. Ну госномера можно в цветмет- люминий. Сорри за злую шутку.

Видать собственника письмами замучили (транспортный налог , штрафы). В такой ситуации может оказаться каждый управляющий по доверенности, так что озадачиться лучше заранее.