Сегодня смотрел щуп на горячую - чистое масло, на верхней отметке пузырьков 5 только.

Fog.
Пузыри в коробке будут всегда, т.к. масло при работе КПП барботирует, т.е. активно насыщается воздухом. Из-за пары пузырьков не следует бить тревогу. Вот ежели из-под щупа начнет пена лезть, как от шампуня, тогда стоит призадуматься.