ВАЗ21124, при переключении передачь двигатель сбрасывает обороты где то с двух секундной задержкой, это нормально или нет?

Плавный сброс оборотов придуман для уменьшения токсичности выхлопа.
Наверное в разных двигателях в зависимости от случайного разброса параметров задержка имеет различную длительность.

Это нормально. Машина продолжает ехать, ДС посылает импульсы в мозги, которые удерживают повышенные обороты 1000-1200 (в зависимости от скорости движения) для продолжения движения. Они же (мозги) не знают чего ты собрался делать, остановиться на светофоре или просто переключить передачу.
Посему логика такая и заложена. Едем обороты 1000. Остановился обороты ХХ.

так если переключаешся на 3000 то она и 3000 держит пару сек.

На тоете-короле вообще повышаются обороты при переключении, будто бы газу поддал.

А сколько ткм пробежала?
Сколько БК показывае % открытия ДЗ и положение РХХ (в момент переключения)?
Попробуй промыть клапан РХХ, и посмотри может ДЗ "подвисает".
На горячем двигателе(остановленном)., открой полностью сектор газа рукой и отпусти - смотри как стала ДЗ. То же проделай но уже ногой, педаль газа выжать полностью , отпустить - см как стала ДЗ. Если при этих манипуляциях ДЗ закрывается на 0% не сразу, там и надо искать.
Тросик подрегулировать, ось ДЗ и вокруг нее "помыть"
Ну а вообще особого криминала пока не вижу.

пробежала 10 000 км, вот я думаю может это заводская настройка что бы уменьшить нагрузку на ремень в момент выключения сцепления

Ход мыслей правильный. Логика мозгов такова, чтобы икключить ударные нагрузки на шатунно-поршневую группу, ремень соответственно, ну и на всю трансмиссию в целом. Особенно характерно при переключении на низшие передачи. Лично я всегда "подгазовываю" при переходе на низшую передачу.