Помогите советом. На ходу периодически вырубается система зажигания и питание сигнализации, ОСТАЛЬНОЕ ВСЕ РАБОТАЕТ. У сигналки питание независимое

Скорее всего, глюки в сигнализации. Проверьте крепление проводов сигнализации, их клеммы. Отключение зажигания может быть, и как мне кажется, является результатом деятельности противоугонной системы (есть противоугонные системы, шунтирующие зажигание).
Можно попробовать отключить сигнализацию, вернуться к родной схеме проводки, тогда должно стать ясно, где искать.