В 2005 году купил слегка тонированные стекла, заводское клеймо на каждом, сертификат соответствия ГОСТу 5727-88 - все есть.


Подошло время техосмотра - завернули, говорят боковые не проходят.
Насколько я понимаю, ГОСТ за это время не менялся (последнее изменение было в 2002 году), производитель данных стекол ( "STEKLO-LUX" http://www.steklo-lux.r52.ru ) продолжает их выпускать, сертификаты действительны.

Что посоветуете? Могу ли я потребовать отказ в письменной форме?

Конечно требуй письменный отказ, если ты уверен, что все в порядке у тебя не нагрели. Если что готов иск.

Спишись с заводом. Што они скажут???

завод велел показать сертификат.

показал, на что услышал что это "филькина грамота" и они сами, дескать, такое напечатать могут.

Вот прибор, вот уровень светопропускания ( 50,1% ), вот ГОСТ - не прошли, до следующего раза.

За письменный отказ сотрудники пункта ТО считают запись в диагностической карте. Это правильно?

Ну как бы правильно.
Потребуй инструкцию на прибор. Пусть покажут, как правильно измерения производить, как "ноль" выставлять.
Вообще, самый эффектный вариант - обратиться в суд. От тебя - заявление и госпошлина. А там СТО и завод пусть доказывают, кто прав.