Форматируем в нтфс, записываем туда все что нам надо в отдельные папки, так же создаем папку temp.
Заходим в свойства диска и ставим для Администраторов, Системы и Всех - запрет на запись/дозапись/создание.
А на папочку тем ставим разрешить запись дозапись создание.
В итоге имеем флешку защищенную от записи и на ней папочку temp куда писать можно

Нащот вирей и антивирей не знаю, но любой юзверь всегда сможет стать владельцем твоих защищенных папок выставив это в аудите, и следовательно получить к ним доступ.