Вопрос следующий:
При проверке искры из программы Мотор-Тестер, когда выбираешь
пару 1,4 искра проходит на этих свечах, когда выбираешь 2,3
искра на всех четырёх, это ведь не нормально? Из-за чего это может быть и как это сказывается на работе двигателя?

В принципе, это не нормально.
Но мотор-тестер все равно не сможет проверить МЗ.
Искра будет, но это не значит что на скорости она будет нужной.

не могу сказать в чём конкретно пробелема, программы или конроллера, но дело не в модуле, если посмотришь входные импульсы на модуль, то там при выборе 2-3 подаются на оба канала 1-4 и 2-3, а вот сблоком МП7.0 вроде всё нормально

Это - глюк МТ-2. Лучше собрать или купить стендик для проверки МЗ.