У меня было нечто подобное и когда сцепу нажимаешь звук пропадал, и слышно его "нормально" только из салона, и звук где-то в районе коробки, я думал пипец коробке скоро придет, оказалось что где проехал по высокому снегу и защита (у меня стоит простая) вмялась в коробку и при вибрации коробки ну или двигателя стучала по коробке. Мне просто сняли защиту и выправили ее.