Была такая ж херня. Диагностируется следующим образом
1. На заглушенной снимаешь массу с аккума
2. Подключаешь амперметр в разрыв массы
3. ставишь сигналку на охрану, смотришь что показывает амперметр. Если в пределах 30-40 миллиампер - все в норме, проблема в том что аккумулятор не подзаряжается толком, ищи в цепях заряда или в генераторе (хотя по твоему описанию с геной у тебя скорей всего все нормально), скорей всего аккум заряд просто не держит. Держит ди заряд - можно проверить след образом - отключаешь аккум от машины, ставишь на зарядку, выставляешь ток заряда 5.5-6А, через 10-12 часов смотришь насколько уменьшился ток. если вдвое и больше - аккум в порядке, если ненамного - значит заряд не держит
4. Если амперметр (см. п. 3) показывает 100 мА и больше - у тебя утечка где то в бортовой сети, открываем ЧЯ, вытаскиваем все предохранители, потом по одному начинаем вставлять и после установки очередного предохранителя смотрим на амперметр, как только увидим увеличение потребляемого тока - ищем утечку именно в той цепи которую защищает этот предохранитель. Обязательно проверить ВСЕ цепи, утечка может быть в двух и боле цепях
5. Определив цепь в которой утечка - начинаем по очереди отключать потребители которые подключены к этой цепи, так локализуем неисправный элемент (в моем случае это был салонный плафон и магнитола).